秦牧之，字九圉，家于建康。臂垂过膝，目有紫光。秦父奇而爱之，名曰牧之。年七岁，聪敏好施，举止不逾规矩。每侍父侧，辄量父举措，取与不失机候。父每曰：“此儿姿貌瑰伟，质性过人，非常相也。”魏昌刘琨有识人之鉴，遇牧之于路，异之，执其手曰：“秦郎，此官之御街，小儿敢戏于此，不畏司隶缚邪？”坚曰：“司隶缚罪人，不缚小儿戏也。”琨谓左右曰：“此儿有王佐之相。”左右怪之，琨曰：“非尔所及也。”
年二十为大将军王敦府上书吏。时敦有别庐，冠绝时辈，引致宾客，日以赋诗。牧之预其间，文咏颇为当时所许。太子太傅王导辟为太子洗马。王导、温峤、太子司马绍等并与亲善。于时江左草创，纲维未举，牧之殊以为忧。及见温峤共谈，曰：“江左自有管夷吾，吾复何虑！”
王敦举兵内向，六军败绩，太子将自出战，温峤执鞚谏曰：“臣闻善战者不怒，善胜者不武，如何万乘储副而以身轻天下！”太子乃止。
明帝即位，拜中书侍郎，太子中庶子，机密大谋皆所参综，诏命文翰亦悉豫焉。俄转尚书令，金紫光禄大夫，兼领太子少傅，封丹徒县侯。
太宁三年，是时天下凋弊，国用不足，诏公卿以下诣都坐论时政之所先，牧之因奏军国要务，曰：祖约退舍寿阳，有将来之难。今二方守御，为功尚易。淮泗都督，宜竭力以资之。臣愿尽犬马之劳，镇京口，励师旅，退可保固徐豫，援助司土，进可北伐中原，光复国土。”授镇北将军，徐州刺史，都督徐州军事，假节，镇京口。
帝疾笃，牧之与王导、郗鉴、庚亮、温峤、卞壸等同受顾命。
咸和元年，石生寇汝南，牧之遣参军祁悌大败之，斩首石生。加都督青徐二州诸军事，进封丹徒县公。
是年秋，领威远将军祁悌，临淮太守刘矫平刘遐旧部。冬，牧之命参军阳夏邓岳，悌攻石聪，王师败绩
